参考文献查重时被标红的原因如下：

1.引用格式错误：系统中无法识别或错误的引用格式会导致查重系统识别为引用重复，从而标红。

2.论文重复率过高：如果论文中某部分存在高重复率，查重系统可能会将参考文献也标红。这是因为高重复率会导致该部分内容与其他文献的相似度升高。

3.自动匹配错别字：查重系统会将参考文献中的错别字自动匹配到论文中，从而导致参考文献被标红。

4.数据库资源共享：目前，数据库资源已经实现共享，参考文献中的内容可能会与论文内容相似，从而导致参考文献被标红。

为了解决参考文献查重时被标红的问题，可以采取以下措施：

1.确认正确的引用格式：确保引用的格式与学校要求的格式一致，以避免查重系统识别为引用重复。

2.修改论文重复率：如果论文存在高重复率问题，需要对相关内容进行修改，降低其重复率，从而避免参考文献被标红。

3.仔细核对参考文献：在添加参考文献时，需要仔细核对内容的准确性，避免出现错别字等问题，从而减少查重系统将其匹配到论文中导致标红的风险。

4.合理使用引用功能：在论文中引用他人成果时，需要注意引用功能的合理使用，避免过度引用或错误引用导致查重系统将其视为抄袭而标红。

总的来说，参考文献查重时被标红的原因较为复杂，需要作者在写作过程中多加注意并采取相应措施避免该问题的发生。同时，学校和导师也应该加强对论文查重的监督和管理，确保参考文献的正确使用和避免抄袭问题的出现。

以上内容仅供参考，请根据实际情况调整自己的策略。