在论文查重后，如果发现参考文献部分存在问题需要修改，以下是一些可行的方法。

首先要明确，参考文献的正确引用对于论文的科学性和规范性至关重要。在修改时，要仔细检查参考文献的格式是否符合学术要求。包括作者姓名、文献题目、期刊名称、出版年份、卷号、页码等信息是否准确完整。

如果查重结果显示参考文献部分重复率过高，可能是引用格式不规范或者引用内容过多。这时候，要重新审视引用的必要性，删除一些不必要的引用，只保留对论文论证有重要支持作用的文献。

对于格式问题，要按照学校或学术期刊规定的参考文献格式进行调整。比如，不同的学科领域可能对参考文献的格式有不同的要求，有的要求用数字编号，有的要求用作者姓名加出版年份的方式。

在修改引用内容时，要确保准确性和一致性。不能随意更改文献的信息，以免影响论文的可信度。

另外，可以尝试增加一些新的、权威的参考文献，丰富论文的研究基础，同时也能降低重复的可能性。

同时，利用相关的文献管理软件，能够更方便地对参考文献进行整理和修改，提高效率和准确性。

总之，在修改参考文献时，要注重格式规范、引用合理、内容准确。通过认真细致的工作，使参考文献部分既符合学术规范，又能通过论文查重的要求，为论文的整体质量提供有力支持。