本科毕业论文抽检的查重通常是通过以下方式进行的。一般会运用专门的论文查重系统。这些系统拥有海量的数据库，涵盖了各类学术文献、网络资源、过往的毕业论文等。在进行论文查重时，系统会将被抽检的毕业论文与数据库中的内容进行比对。

具体来说，系统会对论文的文字内容进行逐句分析。它会将论文中的语句分解成若干个关键词和短语，然后在数据库中搜索与之相似的内容。对于相似度较高的部分，系统会进行标记和计算。

查重过程中，不仅会对比文字表述，还会关注论文的结构、逻辑和引用格式等方面。如果论文中存在大量相似的结构或者不规范的引用，也可能会被认为存在问题。

此外，为了提高查重的准确性和可靠性，可能会采用多种查重算法和技术。一些先进的查重系统还能识别出经过改写、替换词语但意思相近的内容。

在完成查重后，系统会生成一份详细的查重报告。报告中会显示论文中与其他文献相似的部分，以及相似度的具体数值。相关人员会根据设定的阈值来判断论文是否存在抄袭等问题。

需要注意的是，不同的学校或机构在本科毕业论文抽检的查重中，可能会选用不同的查重系统和设定不同的阈值。但无论如何，论文查重的目的都是为了保证学术的公正性和严肃性，促使学生独立思考和创新，确保本科毕业论文的质量和学术诚信。

总之，本科毕业论文抽检的查重是一个严谨、科学的过程，通过技术手段和人工判断相结合，来维护学术的良好环境和论文的质量。