本科论文和硕士论文查重并不是一回事。两者在查重的要求、标准和流程上存在一些差异。首先，本科论文查重通常要求较低，一些学校可能只要求查重率在30%以下，而硕士论文查重的要求则更为严格，一般要求查重率在10%以下。这是因为硕士论文的研究深度和学术价值更高，对原创性的要求也更高。

本科论文和硕士论文的查重系统可能不同。一些学校可能使用不同的查重系统对本科论文和硕士论文进行检测，这可能导致查重结果存在差异。此外，一些学校可能还会对硕士论文进行人工查重，以进一步提高查重的准确性。

本科论文和硕士论文的查重结果处理方式可能不同。如果本科论文的查重率超过要求，学生可能需要修改论文并重新提交查重；而硕士论文的查重率超过要求，可能会导致论文不合格，甚至影响学生的毕业和学位授予。

本科论文和硕士论文的查重意义也不同。本科论文查重主要是为了防止学术不端行为，保证论文的原创性；而硕士论文查重则是为了确保论文的学术价值，提高学术研究的质量。

本科论文和硕士论文查重并不是一回事，两者在查重要求、查重系统、查重结果处理方式和查重意义等方面存在差异。因此，学生在撰写论文时，应根据自己所在学校的要求，合理使用查重系统，确保论文的原创性和学术价值。