期刊论文查重过程中，确实会对引用文献进行检查，但处理方式与对待正文内容有所不同。以下几点可以帮助你更好地理解这一过程：

识别引用：现代查重软件能够智能地识别出文本中的引用部分，并将其与非引用部分区分开来。这些工具通常基于特定的引用格式（如APA、MLA等）来判断哪些内容是直接引用。

不计入查重率：当查重系统正确识别了某段文字为合法引用时，这部分内容一般不会被计算入整体重复率之内。也就是说，合理使用并标注来源的引用不会影响你的原创性评分。

强调正确引用的重要性：尽管引用部分可能不直接影响查重结果，但确保所有参考材料都得到了恰当的标注依然非常重要。未标明出处或错误标注可能导致学术不端行为指控，比如抄袭。

自引情况：如果你在论文中引用了自己之前发表过的作品，这也需要明确指出。虽然这属于“自我引用”，但如果大量重复使用以前的工作而没有新的贡献，则可能被视为不当做法。

查重报告解读：在收到查重报告后，应仔细查看其中关于引用部分的具体说明。有些系统会单独列出引用比例，帮助作者和评审者更清晰地了解论文的实际原创程度。

在撰写期刊论文时，应当遵循所在领域公认的良好实践指南，妥善处理引用问题。同时，选择可靠的查重服务也很关键，以确保最终提交给期刊编辑部的文章符合高标准的学术诚信要求。如果对如何恰当地引用有疑问，可以咨询导师或其他经验丰富的研究者获取建议。