毕业论文查重一般不会对参考文献产生直接的不良影响，论文查重的目的是为了检查论文中原创部分的比例，看看是不是存在抄袭或者过度引用他人成果的情况。而参考文献呢，本来就是你在写论文过程中参考借鉴过的资料，是为了让你的研究有依据，也方便别人去追溯和进一步了解相关内容。

正常情况下，在查重的时候，系统会自动识别出参考文献，不会把它们算到重复率里面。因为参考文献的格式通常是有规范要求的，比如特定的字体、字号、缩进等等，查重系统能够根据这些格式特征来区分正文和参考文献。

但要注意，如果你的参考文献格式不正确，比如该有的标点符号没有，或者排版混乱，那么查重系统可能就没法准确识别出来，从而有可能把这部分内容算进重复率里。所以，一定要按照学校或者导师要求的格式来整理参考文献，保证格式规范正确。

还有一种情况，如果在论文正文中，你对参考文献中的内容进行了大量的直接引用，而且没有做好恰当的引用标注，这就可能会导致重复率升高。因为即使系统能识别出这是参考文献的内容，但过多的直接引用也可能不符合学术规范。

所以说，只要你正确引用和标注参考文献，并且保证格式规范，查重通常不会对参考文献造成负面影响。相反，合理的参考文献引用还能体现你研究的深度和广度，增强论文的可信度和说服力。

对待参考文献要认真、规范，这样既能让你的论文更严谨，又不会在查重环节给你带来不必要的麻烦。查重是为了保证学术的公正性和创新性，参考文献则是支撑你研究的重要基石，两者都很重要，都要处理好。