论文查重时参考文献格式错误会影响查重结果，具体影响及原因如下：

一、影响查重结果的具体表现

增加重复率：如果参考文献格式错误，查重系统可能无法正确识别哪些内容是引用，从而将其视为正文内容进行查重。这会导致原本应被排除在查重范围之外的引用内容被计入重复率，进而增加论文的整体重复率。

影响引用标识：正确的参考文献格式通常包含引用标识，如方括号内的数字或作者姓名等。这些标识有助于查重系统准确识别引用内容。如果格式错误，引用标识可能无法正确显示或被系统识别，导致引用内容被误判为重复。

二、影响查重结果的原因分析

查重系统的工作原理：论文查重系统通过比对论文中的文本与数据库中的文献来检测重复率。系统通常具有特定的算法和规则来识别引用内容，并排除在查重范围之外。然而，这些算法和规则依赖于正确的参考文献格式。

格式错误导致系统误判：当参考文献格式错误时，论文查重系统可能无法准确识别引用内容，从而将其视为正文进行查重。此外，格式错误还可能导致系统无法正确解析文献信息，进一步影响查重结果的准确性。

三、如何避免参考文献格式错误对查重结果的影响

遵循学术规范：在撰写论文时，应严格遵循所在学科或期刊的参考文献格式要求。这包括文献的排列顺序、标注方式、标点符号的使用等。

使用专业工具：可以利用专业的文献管理软件（如EndNote、NoteExpress等）来管理和生成参考文献。这些工具通常具有自动排版和格式检查功能，有助于减少格式错误的发生。

仔细校对：在提交论文前，应仔细校对参考文献部分，确保格式正确无误。可以对照学术规范或期刊要求逐一检查每条文献的格式。