论文查重系统主要通过以下几种方式来识别引用内容。其一，通过特定的引用格式。比如常见的APA、MLA等格式，系统会识别诸如脚注、尾注、括号内的引用标注等特定的格式标记。当系统检测到这些规范的格式时，会初步判断其可能为引用内容。

其二，对文本的上下文进行分析。系统会查看引用内容前后的文字，判断其是否在进行论述、解释或与引用内容相关的讨论。如果有合理的衔接和解释，更有助于系统确认这是引用。

其三，查重系统通常会建立一个庞大的文献数据库，包含了各种学术文献、书籍、期刊等。当检测到与数据库中相似的内容，并且其呈现方式符合引用的特征，系统会进行进一步的判断。

其四，对于一些常见的引用标识词，如“参考文献”“据某某研究”等，系统也会将其作为识别引用的线索之一。

此外，系统还会考虑引用内容在论文整体中的比例和分布。如果某一部分集中出现大量相似的引用，可能会引起系统的特别关注，进行更细致的分析判断。

同时，一些先进的查重系统会运用语义分析技术。不仅关注字词的匹配，还会深入理解文本的含义和逻辑关系，以更准确地判断引用内容的合理性和准确性。

而且，随着技术的不断进步，查重系统也在不断学习和优化识别引用的能力。它们会根据大量的样本数据和用户反馈，不断改进算法和模型，提高对引用内容识别的精度和可靠性。

总之，论文查重系统通过格式识别、上下文分析、数据库比对、标识词检测、比例分布考量以及语义理解等多种手段的综合运用，来尽可能准确地识别引用内容，从而为评估论文的原创性和学术规范性提供有力的支持。