当毕业论文的目录和附录在论文查重时被标红，意味着这些部分可能与数据库中的文献存在较高的相似度。这通常是因为目录和附录中包含了大量的标准格式和常见表述，这些内容在不同的文献中可能会重复出现。处理这种情况，可以采取以下措施：

1.理解查重机制：首先，要明白论文查重工具的工作原理。它们通过比对数据库中的文献来检测相似度。目录和附录中的标准格式和常见表述容易被误判为抄袭。

2.检查格式和表述：仔细检查目录和附录中的每一项内容，确保格式正确无误。对于常见的表述，可以考虑使用更具体或个性化的语言来替换，以降低相似度。

3.优化目录结构：如果目录结构过于简单或常见，可以考虑增加子标题或更详细的分类，以展示论文结构的复杂性和独特性。

4.调整附录内容：附录通常包含原始数据、图表、额外的计算等。如果这些内容被标红，可能是因为它们与已发表的资料相似。可以尝试对数据进行重新解释或提供额外的分析，以增加原创性。

5.使用查重工具辅助：利用论文查重工具进行预查，了解目录和附录中的哪些部分被标红。根据报告的反馈，对这些部分进行修改。

6.咨询导师或同行：在修改过程中，可以向导师或同行寻求意见。他们可能会提供不同的视角和建议，帮助你更好地处理标红的部分。

7.保持原创性：在处理标红问题的同时，要确保目录和附录的每一项内容都保持原创性。避免直接复制粘贴，即使是标准格式和常见表述，也要尽量用自己的话重新表达。

8.持续学习与改进：处理论文查重问题是一个不断学习和改进的过程。通过不断实践，可以提高自己在学术写作中的原创性和规范性。

通过上述措施，可以有效地处理毕业论文目录和附录在论文查重时被标红的问题。同时，随着技术的发展，论文查重工具也在不断进步，例如引入人工智能技术来更准确地识别抄袭行为，这要求我们在写作时更加注重原创性和规范性。在处理标红问题的过程中，创新思维和持续学习是关键。