在论文查重过程中，引用自己已发表的论文是否算作重复内容，取决于引用的方式和查重系统的判定规则。一般来说，合理引用自己之前的论文是被允许的，因为这是学术研究中常见的行为，有助于展示研究的连续性和深入性。

然而，即使是引用自己的论文，也需要遵循学术规范，正确地进行引用和标注。如果引用不当，比如大量复制自己之前论文的内容而没有进行适当的改写或引用标注，那么在论文查重时，这些内容可能会被判定为重复，从而影响查重结果。

论文查重系统通常会对论文进行整体分析，识别出与其他文献相似的内容。如果引用了自己的论文，并且正确标注了引用，查重系统通常能够识别这种情况，并不会将其计入重复率。但是，如果引用内容过多，或者引用方式不当，查重系统可能会将其误判为重复内容。

因此，在引用自己已发表的论文时，应注意以下几点：

1、合理引用：确保引用的内容是必要的，并且与当前论文的研究主题紧密相关。

2、正确标注：在引用自己论文时，应使用适当的引用格式进行标注，如APA、MLA等，以表明这些内容来源于之前的论文。

3、避免过度引用：即使是引用自己的论文，也应避免过度引用。过多的自我引用可能会影响论文的原创性和学术价值。

4、注意引用比例：在整篇论文中，自我引用的比例应适当，不应占据主导地位。

5、查重前的自我检查：在提交论文查重之前，可以预先使用在线查重工具进行自我检查，以了解引用自己论文的部分是否被误判为重复。

在论文查重过程中，合理引用自己已发表的论文通常是被允许的，但需要注意引用的方式和比例。正确地进行引用和标注，可以避免在查重时出现不必要的麻烦。